故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
出生在偏远村落的希尔·菲尼克斯为了完成对母亲临终前的承诺，带上家族遗物龙骨水晶踏上了去往失落的国度寻找身世的旅程。 来到蛇骨之国的希尔，误入了四大家之一的赤骨家大宅，被蛇骨之国通缉，与赤骨家继承人光子
