千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
一切始于伊恩收到一个神秘包裹，盒子里面是「安娜」，一个可以将自己发展成人类的性玩偶人工智能系统。伊恩必须和安娜上床以测试她的功能，否则他将欠下 5000 万美元的债务。尽管看起来很简单，但伊恩是处男并且害怕女性这一事实开始使事情复杂化…
清晨，贤惠温柔的比企谷小町（悠木碧 配音）早已做好丰盛的早餐，而他那乖僻老哥八幡（江口拓也 配音）却还呆坐餐桌前腹诽婚姻与爱情。日上三竿，千叶市立总武高中“侍奉部”正在忙碌着什么。千叶当地政府以青年人的婚姻为主题准备出版一期城市杂志，结果这项工作稀里糊涂地到了平冢静（柚木凉香 配音）老师的手里。而对于婚姻没有任何经验的她，只能又把工作转包给侍奉部。为此，八幡和部长雪之下雪乃（早见沙织 配音）展开唇枪舌战的激烈辩论。初期的问卷调查结果并不理想，于是连小町也被请了出来，小町则提出了“新娘度”的大选拔……
