人类没有了咏唱，就不能使用魔术。但是，有一个少女，把不可能变成了可能。利迪尔王国魔术师的巅峰七贤人之一“沉默的魔女”莫妮卡·埃瓦雷特。是史上第一个创造出无咏唱魔术的年轻天才。但是…因为极度怕生而怯场的她，和使魔黑猫躲在深山里，被公式书包围着，静静地埋头于魔术的研究。在这样的情况下，七贤人的同事“结界的魔术师”路易斯·米莱来访。路易斯对不知所措的她宣告了一条王命。那就是——潜入贵族聚集的名校，护卫第二王子的绝密任务……。
高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？
在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。
《幻境神话》是家喻户晓的网络游戏，在第十二次资料片更新之时，一场意外的发生竟然将三万名玩家困在了游戏构筑的虚拟世界之中。老牌玩家城惠（寺岛拓笃 配音）就是其中的一员，现实中个性内向的他在游戏里却极其富有领导才能，深受同伴的信赖和喜爱。 恐惧和绝望笼罩在被困在游戏里的玩家的头顶上，个性开朗直爽大大咧咧的战士直继（前野智昭 配音）、拥有可爱外貌和强大实力的刺客晓（加藤英美里 配音）联同城惠站了出来，创立了工会“记录的地平线”，他们从大都市秋叶原开始出发，踏上冒险的旅途，决心开拓出属于他们的世界，找到脱出的方法。
